Kantor Kementerian Agama Kabupaten Mempawah yang awal berdirinya dengan nama Istansi Kantor Departemen Agama Kabupaten Pontianak, mengalami perubahan nama Instansi dari Departemen Agama menjadi Kementerian Agama sesuai Peraturan Menteri Agama (PMA) Nomor 1 Tahun 2010 tentang Perubahan Penyebutan Departemen Agama Menjadi Kementerian Agama. Kantor Kementerian Agama Kabupaten Pontianak merupakan salah satu Instansi Kementerian Agama yang terletak di Mempawah dibawah nauangan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Kalimantan Barat.
Namun pada tahun 2014, Kabupaten Pontianak berubah nama menjadi Kabupaten Mempawah sesuai Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 58 Tahun 2014 tentang Perubahan Nama Kabupaten Pontianak Menjadi Kabupaten Mempawah. Sebelum perubahan nama Kabupaten Pontianak menjadi Kabupaten Mempawah, adanya juga pemekaran wilayah dalam rangka pembentukan Kabupaten Landak sesuai Undang-undang nomor 55 Tahun 1999 yang kemudian berubah menjadi Undang-undang nomor 15 tahun 2000 tentang perubahan Undang-undang nomor 55 Tahun 1999 tentang pembentukan Kabupaten Landak.
Pada tahun 2007 kembali mengalami pemekaran dalam rangka pembentukan Kabupaten Kubu Raya berdasarkan undang-undang nomor 35 Tahun 2007 serta didasarkan juga PMA Nomor 14 Tahun 2010 tanggal 05 Oktober 2010 tentang Pembentukan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Kubu Raya. Awal berdirinya Kantor Kementerian Agama Kabupaten Mempawah dengan nama Kantor Departemen Agama Kabupaten Pontianak dipimpin oleh Kepala Kantor secara berturut-turut dalam beberapa periode diantaranya:Letak Kantor Kementerian Agama Kabupaten Mempawah menurut Global Positioning System (GPS) berada di titik koordinat 0.366120125942794, 108.95385259524022. Tepatnya berada di Jalan Raden Kusno, Nomor 84 Kelurahan Terusan, Kecamatan Mempawah Hilir, Kabupaten Mempawah.